איכות האחסון של זרזים משפיעה ישירות על פעילותם, הסלקטיביות וחיי השירות שלהם, ומשמשת כחלק בסיסי בניהול חומרים בתעשיות הכימיות, הגנת הסביבה ואחרות. הרכיבים הפעילים של זרזים שונים רגישים מאוד לטמפרטורה, לחות, הרכב האוויר ולזיהומים. בקרת אחסון לא נכונה עלולה להוביל לספיגת לחות ולהתגבשות, חמצון ואובדן רכיבים פעילים, קריסת מבנה הגביש ופגמים אחרים, וכתוצאה מכך מוצרים שנגרמו והפסדי ייצור. בהתאם לכך, יש ליישם בקפדנות מפרטי ניהול אחסון סטנדרטיים.
מחסן האחסון יהיה קריר, יבש, מאוורר היטב והרחק מאור שמש ישיר, עם טמפרטורת סביבה יציבה וללא תנודות טמפרטורה דרסטיות. חשיפה ישירה לאור שמש והצבה ליד ציוד-בטמפרטורה גבוהה או מקורות חום אסורים. הלחות היחסית בתוך המחסן תישמר מתחת ל-60%. עבור זרזים המועדים לחמצון- כגון מתכת יקרה,-על בסיס ניקל וזרזים על בסיס-נחושת, הלחות הסביבתית תופחת עוד יותר כדי למנוע ירידה בפעילות הנגרמת מספיחת אדי מים. יינקטו אמצעים לעמידה למים ולחות-; זרזים יאוחסנו על מתלים הרחק מרצפות וקירות כדי למנוע חדירת לחות בקרקע.
זרזים יאוחסנו באריזות אטומות. חלקים שאינם בשימוש של זרזים בעלי פעילות גבוהה- ייאטמו מחדש מיד לאחר הפתיחה. מומלץ לאטום זרזים המועדים לחמצון- בגז אינרטי לבידוד אוויר. אחסון אזורי ומסווג יאומץ במחסן. ערבוב אחסון עם ריאגנטים בסיס חומציים, חמצונים חזקים, ממסים אורגניים, חומרים דליקים ונפיצים אסור, כדי למנוע הרעלת זרז וזיהום מתגובות כימיות, כמו גם סכנות בטיחותיות אפשריות.
יש להימנע מנזק פיזי במהלך הניהול השגרתי. ערימה כבדה, פגיעה והפלה אינם מותרים כדי למנוע שבירת חלקיקי זרז ונזקים למבנה הנקבוביות. תוויות שקופות המסומנות במספר דגם, מספר אצווה וחיי מדף יחוברו לכל החומרים. תוקם מערכת בדיקת מלאי שתבדוק באופן קבוע את אטימות האריזה וסימני התדרדרות הלחות, ותסיר זרזים שפג תוקפם או פגמו במועד, על מנת להבטיח ביצועים יציבים של זרז ועמידה בדרישות הייצור.